Одним ясным летним днём, небеса Генсокё окутывает густой алый туман. Солнечный свет теперь не проникает к земле, а значит опасные ёкаи теперь могут нападать на людей даже днём. Жрица храма Хакурэй Рэйму, и обычная ведьма Кирисамэ Мариса отправляются на поиски виновника этого серьёзного инцидента.